MES是制造企业生产管理信息化的核心，能否成功实施和应用MES是企业实现提高生产效率，降低成本等信息化建设目标的关键所在。
对于信息化基础相对薄弱的中国制造企业来说，MES的复杂性使得企业在进行MES选型和实施时面临种种困惑，而较高的MES失败率更让决策者进行MES投资时举棋不定。
困惑一：成功Vs.失败？
提起MES，令CEO们举棋不定的是：MES的应用价值在哪里？对企业决策者来说，与企业在生产设备或者销售渠道等方面的投资相比，MES投资不是一笔小的投入，但是在生产设备上的投资或者销售渠道等方面的投资都能以产量或者销售量的提高作为回报，然而MES所许诺的投资价值却迟迟不能兑现。那么，MES究竟能为企业带来什么？如何评价MES的成功与失败呢？
MES的真正价值在于它解决了企业内不同角色之间的信息不对称。决策者需要掌控企业生产管理的重要信息，职能部门间需要掌握上下游的信息，通过信息的掌握不同角色就能够把握机会，作出决策，从而提高工厂车间的整体运作效率，降低运作成本。例如，对于企业经营决策者来说，MES的价值在于掌握各个生产环节的实时信息，预测、监控和指导各个环节的经营和管理，有效进行企业的生产决策。对于企业生产管理者来说，MES的价值在于掌握生产状态信息，预测、监控和指导生产工作;了解相关业务部门的业务信息，实现生产协同。对于企业业务人员来说，MES价值在于及时、快捷地记录、整理和获取生产信息，保证生产协同，实现按期交货。
衡量MES实施成功与失败的标准也就在于它能否实现MES的价值。分析MES实施失败的案例，80%以上是由于“信息孤岛”和“信息不对称”的问题没有得到解决，主要表现MES应用模块独立运行。在这种情况下，也难怪一位MES应用人员反映“MES甚至没有EXCEL表格好用”。这是MES实施的悲哀！因此，MES选型和实施过程中，应采取如下一些措施保障MES价值的实现，如：
1、进行生产流程优化，以流程管理保障生产流、信息流的通畅；
2、进行信息资源规划，预测“信息”在各个生产环节的利用程度，以信息共享代替信息孤岛，实现MES的应用价值；
3、进行MES系统模块的统一规划，优先实施生产协同性好的模块，保证先期实施的系统产生生产协同价值。
困惑二：企业特色Vs.管理规范？
MES是一种先进的生产管理理念，好的MES系统体现了一种科学、规范、细化的生产管理方法。因此，决策者在选择MES的时候，实际上也就在企业内引入了一种全新的规范生产管理方法。另一方面，企业生产管理者在多年的经营管理中已经形成了很多适合行业特色、本企业自身特色和本企业领导者特色的生产管理方式，这些方式符合企业自身的文化特色，在生产过程中发挥着很重要的作用。
遵循规范、科学的MES还是坚持灵活的企业特色成为决策者必须解决的问题，通常有三种答案：
1、完全采用MES先进方法，牺牲企业自身特色；
2、遵循企业生产管理特色，对MES进行“大手术”；
3、既采用MES的先进方法，又满足企业生产管理特色。
采用方法1的优点在于实施周期短，系统功能完善；缺点在于生产人员适应周期长。方法2则相反，实施周期长，系统出错率高；优点在于生产人员适应周期短。方法3是一种折中的方法，关键在于把握其中的度。通常，成熟的MES产品仅允许不超过20%的定制开发工作量，如何利用好这20%的特色是企业进行MES实施前要仔细规划的问题。
困惑三：自主开发Vs.选择成熟产品？
目前，中国制造企业在进行MES建设时存在两种模式：一种是选择成熟产品的咨询实施模式，一种是自主建设模式。大多数企业选择的是第一种模式，但是一方面由于中国制造企业管理文化上的特色以及某种落后性，使得MES显得在中国制造企业水土不服，很多功能模块无法在企业内部进行推广；另一方面，市场上一些MES产品在技术和管理思想上的不成熟或缺乏实施经验，导致企业对MES产品的满意度比较低。因此，一部分具有很强研发和资金实力的企业选择了自主开发的模式。
两者比较起来，自主开发实施周期长，系统维护复杂，但应用见效快；选择成熟产品，实施周期短，系统维护工作量小，但应用见效慢。但是，选择自主开发的企业大多具有一定的实施背景条件，如承担某项大型的科研示范工程，或者在国际合作中引入了某原型软件并进行消化吸收。对于国内大多数企业来说，选择成熟产品进行适当二次开发是一种更为明智的做法。
困惑四：继承历史Vs.全新实施？
很多企业在进行MES选型前，信息化建设不是一片空白，或者已经实施了MES但应用不成功，或者已经有了大量单项应用。面对大量的历史投资，每个决策者都希望能够利用好历史系统，保护投资。希望新实施的MES系统能够与历史系统进行接口，利用其中一部分或者全部功能。兼容性是对新建MES系统的基本要求，但兼容的同时新系统也必然会被旧系统拖后腿，这是保护投资必须付出的代价。因此，究竟是否利用旧系统，如何利用好旧系统，在系统建设前要进行统一评估和规划。基本原则是：第一，保证实现新建系统的目标；第二，在第一条的前提下尽可能使历史系统的价值全面化。